Es el órgano colegiado de permanente actuación en el gobierno, gestión, administración y dirección de CES. Está compuesto por el presidente, los vicepresidentes y los vocales elegidos elegidos en la Asamblea General.
La Junta Directiva es el órgano colegiado de normal gobierno, gestión, administración y dirección de la Confederación. Entre sus atribuciones se encuentran la de dirigir las actividades de la Confederación en el marco de sus competencias, disponer lo necesario para la ejecución de los acuerdos de la Asamblea General y proponer a ésta las representaciones que hayan de atribuirse a los miembros de pleno derecho de la Confederación.
La Asamblea General, reunida en pleno, es el órgano supremo de gobierno y decisión de la Confederación. Está constituida por la totalidad de los representantes de las organizaciones incorporadas como miembros de pleno derecho. Los Estatutos prevén los requisitos necesarios para la asignación del número de representantes que corresponden a cada organización. Asimismo, la Junta Directiva, a partir de datos actualizados, asigna un número determinado de vocalías a cada organización de pleno derecho. Se le atribuyen en exclusiva competencias como la elección del Presidente, la reforma de los Estatutos, aprobar o modificar el Código Ético y de Buen Gobierno, los programas y planes de actuación, los presupuestos de la Confederación y su liquidación, aprobar la Memoria Anual de Actividades, fijar cuotas a los miembros de pleno derecho, acordar el cese de cargos directivos, adoptar acuerdos de incorporación o asociación con otras organizaciones de la misma naturaleza, o ratificar las admisiones de miembros de pleno derecho decididas por la Junta Directiva.
